DNA
microarray adalah teknologi yang digunakan untuk melihat urutan sekuens asam
nukleat yang berada pada lokasi tertentu dan dapat digunakan untuk menganalisa
beribu-ribu sampel pada waktu yang bersamaan. Prinsipnya adalah mengandalkan
kemampuan DNA sampel yang telah dilabel dengan zat fluorescent untuk melakukan
rekombinasi dengan probe yang telah ada pada chip microarray. Microarray merupakan suatu array DNA yang ukuran
diameter dari spot DNA kurang dari 250 microns. Teknik microarray ini
menggunakan sampel yang diberi label flurescent yang dapat berpendar pada
panjang gelombang tertentu. Pewarna yang biasa digunakan adalah Cy3 dan Cy5.
Dengan pewarna ini, dapat dideteksi perbedaan ekspresi genetik antara dua
sampel berbeda misalnya sampel orang sehat dan penderita kanker. Microarray DNA
ini juga biasa disebut sebagai DNA Chip. DNA Chip terdiri
dari ribuan deret DNA yang tercetak dalam array densitas tinggi pada sebuah
slide seukuran gelas mikroskop menggunakan suatu teknik yang disebut sebagai robotic
arrayer.
Sample yang dianalisa terdiri atas dua kelompok
sample DNA atau RNA yang akan dipelajari perbedaan hibridasisasinya terhadap
probe pada slide. Khusus untuk sampel dalam bentuk mRNA, maka perlu
ditranskripsi balik terlebjih dahulu menjadi cDNA. Setelah proses hibridisasi,
kemudian dilakukan scanning image dari slides array DNA dengan menggunakan
scanner untuk memperoleh pengukuran intensitas fluoresensi.
Asma (Asthma) adalah salah satu penyakit
alergi serius yang muncul karena disebabkan sifat genetic dan faktor lingkungan
seperti allergen (penyebab alergi), infeksi saluran pencernaan, dan
polusi udara. Asma paling banyak berhubungan dengan atopy, suatu kecenderungan
untuk meningkatkan immunoglobulin (Ig)-E menghadapi allergen dari lingkungan
(Tzouvelekis et al 2004).
Dalam beberapa tahun dianggap nitrit oksida
dengan inducible NO synthase (iNOS) memegang peranan penting pada peradangan
termasuk asma. Namun studi terbaru menunjukkan bronchodilating constitutive
NOS (cNOS)-turunan NO penting dalam menginduksi allergen-hyperresponsiveness.
Meskipun begitu beberapa mekanisme yang bertujuan untuk menurunkan aktivitas
cNOS, menurunkan keberadaan substrat karena adanya kombinasi dari peningkatan
aktivitas arginase dan penurunan pengambilan l-arginine oleh sel,
menunjukkan peranan kunci.
Dengan menggunakan model asma yang diinduksi
dengan allergen dan cara berbeda, diidentifikasi adanya 6,5% dari genom yang
diuji terdapat perubahan ekspresi gen pada paru-paru penderita asma. Khususnya
dua model dengan sifat fenotip yang mirip pada eksperimen menunjukkan profil
transkrip yang berbeda. Gen yang berhubungan dengan metabolisme dengan
asam amino dasar, secara spesifik asam amino kationik transporter 2, arginase
I, dan arginase II, yang paling menunjukkan tanda gen penyebab asma. Pada
hibridisasi in situ mendemonstrasikan penandaan arginase I, khususnya
pada luka peradangan submocosal. Aktivitas arginase meningkat pada partu-paru
yang diinduksi dengan allergen dengan meningkatnya aktivitas enzim, peningkatan
kadar putresin, dan produk akhir. Berdasarkan kemampuan arginase untuk
meregulasi nitrit oksida, poliamina dan kolagen, hasil ini menetapkan dasar
dari farmakologi untuk menjadikan metabolisme arginine sebagai target pada
kelainan alergi.
Metode yang digunakan dimulai dari eksperimen
penginduksian asma, preparasi RNA dan hibridisasi microarray, analisis data
microarray, Northern blot dan analisis RT-PCR, Hibridisasi in situ
pada paru-paru tikus, Immunohistochemistry, aktifitas Arginase,
tingkat Putrescine, analisis sampel paru-paru manusia, kemudian dengan hasil
analisis DNA microarray diidentifikasi lah bagian genom yang terkait dengan
penyakit asma. Pada hasil data microarray menunjukkan dua jumlah dari ekspresi
gen yang digunakan berbeda nyata dan berbeda rata-rata secara statistik.
Sumber :
Sciencebiotech.net
Tidak ada komentar:
Posting Komentar